BioTICfinder

“Análisis y desarrollo de Soluciones diagnósticas y terapéuticas de segunda generación frente a SARS -CoV-2 mediante la combinación de tecnologías biomoleculares y digitales. (BioTICfinder)” 

El presente proyecto se marca como objetivo el desarrollo, a partir de aptámeros, de nuevas herramientas diagnósticas y terapéuticas frente al SARS-CoV-2 mediante la combinación de tecnologías químicas, de biología molecular y digitales.

Los objetivos de este proyecto son los siguientes:

  • Ámbito diagnóstico. Desarrollo de nuevos métodos y dispositivos point-of-care para la detección del virus, superando algunas de las actuales limitaciones de las  herramientas disponibles en el mercado.
    • Desarrollo y validación de un test rápido de antígenos basado en el uso de aptámeros modificados y optimizados químicamente, adaptados para sistemas de cromatografía de flujo lateral y que permitan la detección precoz de la COVID-19 en asintomáticos y usos veterinarios.
    • Adaptación de la tecnología de aptámeros a dispositivos point-of-care que utilizan tecnologías ópticas, digitales y moleculares para detectar la presencia del virus en muestras residuales con mínimos requerimientos de pretratamiento de las muestras.
    • Digitalización de los resultados de lectura del test de flujo lateral y tratamiento de los datos
      generados, mediante el desarrollo e industrialización de un lector digital basada en espectrógrafos de bajo coste para este tipo de test.
    • Desarrollos de algoritmos de procesamiento de las imágenes generadas por el lector digital de lateral flow al objeto de determinar la carga viral de los pacientes positivos a partir de la intensidad de la línea de test.
  • Ámbito terapéutico. Desarrollo de nuevos candidatos antivirales basados en la conjugación de aptámeros y degradadores de proteínas frente al SARS-CoV-2.
    • Desarrollo de una plataforma tecnológica que aúne técnicas digitales para predecir interacciones de los compuestos con las proteínas de interés, sistemas de síntesis y optimización química y técnicas
      de análisis in-vitro y molecular para el descubrimiento y optimización de nuevos candidatos antivirales para la COVID- 19 y otras enfermedades infecciosas.
    • Diseño y síntesis de nuevos candidatos antivirales basados en conjugados de aptámeros y degradadores de proteínas (tanto PROTACs17 como LYTACs18) dirigidos a las proteínas estructurales del SARS-COV-2, que permita el tratamiento de la COVID-19 en fases tempranas de desarrollo de la enfermedad.
    • Selección de los candidatos óptimos de los conjugados aptámeros y degradadores proteínas
      mediante la aplicación de tecnologías digitales para interpretar la interacción de los diferentes ligandos y componentes de los complejos protámeros y de éstos con las proteínas de interés.
    • Validación in-vitro de los candidatos de prótameros y lytámeros desarrollados.

En general, los objetivos de esta primera anualidad se han alcanzado de forma satisfactoria. En el ámbito diagnóstico hemos conseguido un número significativo de aptámeros optimizados, hemos seleccionado el diseño óptimo del lateral flow y hemos completado, con mucho adelanto, la adaptación del uso de los aptámeros a la detección, mediante un point-of-care, del SARS-CoV-2 en aguas residuales, con muy buenos resultados. En el ámbito teràpeutico, se ha iniciado en el diseño de los compuestos y en su análisis por RMN y finalmente éstos se han sintetizado y testados inicialmente in vitro con resultados preliminares muy positivos.

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BioTICfinder

Advances during 2021

  • Raman communication interface.
  • Definition of the data model to extract from the Raman.
  • Development of a software system able to read and visualize, process and analyze Raman spectral Information in the cloud using a distributed software architecture.
  • Optical characterization of synthetic nanostructures. Fabrication and characterization of SERS-encoded nanoparticles.

Advances during 2022

  • Input converter for spectroscopic data and metadata.
  • New automatic baseline correction tool for Raman spectra.
  • Fully operational distributed environment to interact with the core processing and analysis software system.
  • Measurement of SERS markers in antibody functionalised nanoparticles in the presence/absence of pathogens.